واکنش ایران به این قطعنامه این بود که آن را نه قبول و نه رد کرد. ایران همانند قبل خواستار آن بود که عراق به روشنی به عنوان متجاوز شناخته شود. خواسته‌ای که در هیچ‌کدام از قطعنامه‌های سازمان ملل منظور نشد.

شلیک موشک از ناو آمریکایی یواس‌اس وینسنس. این ناو با شلیک دو موشک مشابه پرواز شماره ۶۵۵ ایران ایر را ساقط نمود که در پی آن ۲۹۰ مسافر غیرنظامی هواپیمای ایرانی شامل زنان و کودکان کشته‌شدند.

رونالد ریگان در ۳۱ شهریور ۱۳۶۶ در سخنرانی خود در مجمع عمومی سازمان ملل متحد، ایران را رسماً تهدید کرد که اگر به قطعنامه ۵۹۸ پاسخ منفی بدهد، چاره‌ای جز یک «اقدام عملی» باقی نمی‌ماند.اندکی بعد ایالات متحده به عنوان متحد عراق وارد جنگ با ایران شد. در ۳۰ فروردین ۱۳۶۷ ایالات متحده به نفت‌کش‌ها و سکوهای نفتی غیرنظامی ایران در خلیج فارس حمله کرد. تنها دو روز پیش از آن و در روزهای ۲۸ و ۲۹ فروردین، عراق برای بازپس گیری شبه جزیره فاو شروع به بمباران شیمیائی و به‌کارگیری آتش بسیار سنگین توپخانه علیه مواضع ایران نموده بود. در جریان این حمله بالگردهای آمریکایی به نفع نیروهای عراقی مستقیماً وارد جنگ با ایران در فاو شدند[نیازمند منبع]. روشن بود که ایران توان جنگیدن مستقیم و همزمان با دو ارتش ایالات متحده و عراق را نداشت. بنابراین شبه جزیره فاو دوباره به دست عراق افتاد.

فرماندهان سپاه ایران در آن زمان برای اینکه توانایی بهتری برای ادامه جنگ پیدا کنند در پی آمادگی برای حضور در انتخابات مجلس و ورود به سیاست بودند تا در مجلس زمینه کمک بیشتر برای ادامه جنگ فراهم شود. فرماندهان نظامی سپاه که کنترل مناطق اشغال شده در عراق را از جمله در فاو و مناطق اطراف بصره در دست داشتند با این تصور که عراق قدرتی برای بازپس‌گیری این مناطق ندارد منطقه عملیات را ترک کرده و در کرمانشاه جلسه‌ای برای شرکت در انتخابات مجلس برگزار نموده بودند. در طرف مقابل عراق بعد از شکست فاو و بعد از عملیات کربلای ۵ شروع به طراحی عملیات بزرگی برای بازپس‌گیری خاک خود نموده بود. آن‌ها با افزایش بودجه نظامی، خرید تجهیزات مدرن، افزایش سربازگیری و همچنین تشکیل تیپ‌های جدید گارد ریاست جمهوری تجدید قوا نموده بودند. عراقی‌ها از همان روز شکست در عملیات کربلای ۵ عملیات بزرگی را برای بازپس‌گیری خاک عراق طراحی کرده بودند. در انتهای بهار ۱۳۶۷ عراق عملیات عملیات توکلنا علی‌الله را شروع نمود و با پیروزی دور از انتظار در مراحل ابتدایی عملیات توانستند مناطق فاو و اطراف بصره را باز پس بگیرند. با شکست سنگین ایرانی‌ها در طی این عملیات، فرماندهان عراقی تصمیم به ادامه عملیات گرفتند و علاوه بر بیرون راندن نیروهای ایران از خاک عراق توانستند مجدداً وارد خاک ایران شده و شهر دهلران را برای بار دوم اشغال نمود. هر چند نیروهای عراق با اعلام اینکه دیگر قصدی برای اشغال خاک ایران ندارند به داخل خاک خود بازگشتند.

همزمان با تشدید حملات عراقی‌ها نیروی دریایی ایالات متحده عملیات آخوندک را علیه نیروهای فعال ایرانی در خلیج فارس که به مین گذاری مسیرهای مبادلاتی تجاری و هدف قراردادن کشتیرانی تجاری مبادرت کرده‌بودند را آغاز نمود. در بخشی از این درگیری‌ها نیروی ایالات متحده در پاسخ به حمله موشکی ایران به یک سکوی نفت کویتی، دو سکوی نفتی ایران در خلیج فارس را منهدم نمود. در اوج درگیری‌ها دو ناوچه نیروی دریایی ایران، سهند و سبلان، که برای دفاع از سکوهای مزبور وارد عمل شده بودند مورد هدف قرار گرفتند. در بخش دیگری از عملیات ایالات متحده در روزهای بعد به هنگام درگیری آن‌ها با قایق‌های توپدار سپاه پاسداران ایران در تنگه هرمز و در نزدیکی جزیره قشم فاجعه ۱۲ تیر ۱۳۶۷ رخ داد که در آن ناو آمریکایییواس‌اس وینسنس هنگامی که وارد آب‌های سرزمینی ایران شده‌بود یک هواپیمای غیرنظامی مسافری ایرباس ایران را به زعم خود هواپیمایی نظامی تشخیص داده و ساقط نمود. تمامی ۲۹۰ مسافر و خدمه هواپیمای ایرباس ایرانی در این عملیات کشته‌شدند. این عملیات‌ها به همراه سکوت جامعه بین‌المللی در قبال استفاده عراق از سلاح‌های شیمیایی، و همچنین کمبود نفرات و تجهیزات رهبران ایران را به این نتیجه رسانید که دول حامی عراق از هر اقدامی برای جلوگیری از پیروزی ایران استفاده خواهند نمود و توان مؤثر ماشین جنگی ایران گرفته خواهد شد.

از بعد داخلی نیز دولت ایران تحت فشار زیادی بود در داخل کشور زمزمه‌های مخالفت با جنگ آغاز شده بود و فشارهای اقتصادی بر دولت افزایش یافته بود. درآمد نفتی کشور از ۱۵ میلیارد دلار به کمتر از ۶ میلیارد دلار کاهش یافته بود و وضعیت اقتصادی کشور در بدترین حالت خود بود. سرانجام فرمانده وقت سپاه (محسن رضایی) طی نامه‌ای به روح‌الله خمینی، فهرستی از نیازهای مضاعف نیروهای نظامی ایران برای ادامه جنگ در ۵ سال آینده را ارائه داد.

... تا پنج سال دیگر ما هیچ پیروزی نداریم. ممکن است در صورت داشتن وسائلی که در طول پنج سال به دست می‌آوریم قدرت عملیات انهدامی یا مقابله به مثل را داشته باشیم و بعد از پایان سال ۱۳۷۱ اگر ما دارای ۳۵۰ تیپ پیاده و ۲۵۰۰ تانک و ۳۰۰۰ قبضه توپ و ۳۰۰ هواپیمای جنگی و ۳۰۰ هلیکوپتر باشیم و قدرت ساخت مقدار قابل توجهی از سلاحهای لیزری و اتمی که از ضرورتهای جنگ در آن موقع است را داشته باشیم، می‌توان گفت به امید خدا بتوانیم عملیات آفندی انجام دهیم...

با این وجود فرمانده سپاه پاسداران در ادامه همین نامه بر لزوم ادامه جنگ تأکید کرد. روح‌الله خمینی، رهبر وقت ایران با شعار خواندن حرف فرمانده وقت سپاه مبنی بر آمادگی برای ادامه جنگ آن را رد می‌کند٬ دولت ایران نیز به نخست وزیری میرحسین موسوی ضمن رد خواسته‌های سپاه اعلام کرد که دولت ظرفیت اختصاص منابع مالی لازم برای تهیه چنین فهرستی ندارد.

به این ترتیب ایران در روز ۲۷ تیر ۱۳۶۷ قطعنامه ۵۹۸ شورای امنیت را در شرایطی که برتری نسبی نظامی زمان تصویب قطعنامه در یک سال پیش را از دست داده بود، پذیرفت. روح‌الله خمینی تصمیم به پذیرش این قطعنامه را با نوشیدن جام زهر مقایسه کرد و گفت:

... خوشا به حال آنان که با شهادت رفتند! خوشا به حال آنان که در این قافله نور جان و سر باختند! خوشا به حال آنهایی که این گوهرها را در دامن خود پروراندند! خداوندا، این دفتر و کتاب شهادت را همچنان به روی مشتاقان باز، و ما را هم از وصول به آن محروم مکن. خداوندا، کشور ما و ملت ما هنوز در آغاز راه مبارزه‌اند و نیازمند به مشعل شهادت، تو خود این چراغ پر فروغ را حافظ و نگهبان باش. خوشا به حال شما ملت! خوشا به حال شما زنان و مردان! خوشا به حال جانبازان و اسرا و مفقودین و خانواده‌های معظم شهدا! و بدا به حال من که هنوز مانده‌ام و جام زهرآلود قبول قطعنامه را سر کشیده‌ام...

ستون نظامی منهدم شده مجاهدین خلق پس از محاصره و قرار گرفتن در کمین نیروهای ایران

قبول این مسئله برای من از زهر کشنده تر است، ولی راضی به رضای خدایم و برای رضایت او این جرعه را نوشیدم.